2001年，山东大学医学院按照国家级实验教学示范中心的标准成立了医学基础实验教学中心，该中心位于山东大学趵突泉校区，隶属于基础医学院。为实现资源共享、促进学科交叉融合，提高实验教学质量，基础医学院对原隶属于各个学科的教学实验室进行了多次整合，形成了数字化医学（形态学）,医学机能学,分子医学及人体解剖学四大实验教学平台，以及人体科学馆和大学生医学开放创新实验中心，四个实验教学平台下设人体解剖学、形态学、机能学、生物化学与分子生物学、细胞生物学与遗传学、医学微生物学与免疫学等六个基础教学实验室。2002年，机能学、形态学等六个基础教学实验室被山东省教育厅评为山东省一类教学实验室。2006年中心被山东省教育厅评为省级实验教学示范中心，成为山东省高等医学院校医学基础实验教学、临床基础训练和学生创新能力培养的重要平台。同年被教育部评为“国家级实验教学示范中心”。

实验教学中心实行学校和学院领导下的主任负责制，主任由教学经验丰富、科研能力强、教学和科研成绩突出的专家担任。中心现有专职人员50人，其中教授7人，副教授15人，高级实验师9人。26人具有博士学位，14人具有硕士学位。学校十分重视以青年教师为主体的实验教学队伍建设，积极推行教师培养“朝晖计划”、“双百计划”、“学历提升计划”和“英语水平提升计划”，推进青年教师“三种经历”。 中心先后派出多位教师出国访问和短期培训以提高中心教师的业务水平。有效的开拓了视野，为中心的长足发展提供了不竭的力量。

实验教学中心成立以来，中心改革教师和实验技术人员分类管理制度，成立实验教学课程组，实施竞聘上岗，并改革绩效考核办法，加强制度建设，贯彻“管理服务教学”的方针。在学校及学院的大力支持下对中心各平台实验室进行了整体环境改造和设备升级，同时不断加大信息化管理手段等实验室运行管理建设的投入，进一步丰富数字网络教学资源，建立数字化实验教学课程，实现了形态学全面数字化实验教学改革，构建了基础医学数字化网络实验教学平台。在课程设置、学生培养等方面更新了教学理念，进行了大胆的改革和探索，取得了显著的成效，起到了良好的辐射和示范作用。