中心实行校院两级,院为主体的管理体制。学校成立由分管校领导牵头，多部门参与的中心建设和运行管理委员会，负责落实条件保障,日常监督管理等协调解决中心发展的重大问题。基础医学院负责制定中心总体工作方向,思路及发展战略。中心实行学校领导下的主任负责制，中心主任全面负责中心各项工作。教学指导委员会指导实验教学队伍,实验技术队伍和管理团队建设,年度报告审议等。各平台设主任和副主任，由各平台有经验的专职实验技术人员担任。

中心的实验课程由各课程组专职教师承担，实验准备工作由专职实验技术人员负责。