山东大学医学院于1998年启动了本科基础医学实验教学改革，构建了基础医学形态-机能融合性实验教学体系；从“基础-综合-设计”三个层次，重组实验教学内容与课程结构；教学实验室独立编制运行，资源共享，承担起培养人才、实施素质教育和创新教育等多项工作职能。2000年合并成立新山东大学后，学校先后以211工程、世行贷款、重点学科、重点实验室、教学基地建设、985工程等多种方式，通过优质整合实验教学资源，组建以学院为单位的实验教学中心，实现了实验室建设的跨越式发展。

　　2001年, 学校启动了“国家级实验教学示范中心的建设项目”，医学基础实验中心正式成立，根据“学科交叉、设备共享”的原则构建了医学形态学、医学机能学、细胞与分子医学和临床基础四个医学基础实验教学平台，并建立了大学生开放创新实验室，为医学专业的本科生开设了基础性、综合性和研究性三个层次的实验教学课程。2002年，中心所属的机能学实验室等6个基础教学实验室被山东省教育厅评为山东省一类基础教学实验室，同年，中心被评为山东大学优秀实验中心。2005年中心拓展了医学研究生实验教学空间，医学研究生开设了36门基础性实验课程和一门“细胞与分子生物学”综合性实验课。2006年中心被山东省教育厅评为省级实验教学示范中心。

　　五年来，学校和医学院向实验教学中心投入实验室建设经费3800余万元。获得了多项国家级和省级实验教学教改成果奖，创建了国家级精品课程7项、省级精品课程4项。目前，中心设施齐全先进、教学人力资源丰富、管理高效规范，已成为高等医学教育基础实验教学、临床技能培训和学生创新能力培养的基地，成为学科建设、科学研究、服务山东的优秀医学实验平台。